Todo iba bien hasta que Neo entra a hablar con el arquitecto y pasan cosas raras. Pero sobre todo cuando Neo, aparte de ser cheto en Matrix, lo es en la realidad y para a las máquinas justo antes de que lo maten. Todo se arregla en esa peli con un Neo ex Machina, por Dios.

la realidad no es tal. Zion es otro programa ideado por las máquinas basado en el mundo real para contener a los que rechazan Matrix para luego ser exterminados por las máquinas y así eliminar las anomalis del sistema. Por eso Neo ve "el código" de la "realidad". Y lo curioso es que en este caso Neo no es el bueno. El programa del elegido tiene como función elegir a un número de hombres y mujeres para la siguiente versión de Matrix (Merovingio fue el anterior elegido), es decir, que el programa del elegido está diseñado para que Matrix continue, pero Neo es gilipuá y elige a la chica en vez de escoger a un número de sujetos, lo que asegura la destrucción del Sistema... o no.

Y luego está el Agente Smith, que sería un virus creado por los humanos del mundo real auténtico con el fin de replicarse hasta dominar todo el sistema, matar al elegido para que no pueda resetear Matrix, y destruir Matrix, liberando a la humanidad de las máquinas.

Como este final no era comercial porque Neo era el malo y el Agente Smith el bueno los Wachowski Bros. decidieron dejar el guión tal cual pero enfocarlo todo a que Neo era el superbueno, por lo cual la peli resulta un poco confusa ya que intenta demostrar dos historias al mismo tiempo, la original de Neo malo y la "remasterizada" de Neo bueno.

Y la actriz que hace de oráculo no es distinta porque perdió bits de información, es distinta porque la original murió en un vuelo de avión de un infarto poco antes del rodaje.

Neo y el Agente Smith se pelean... hasta ahí todo normal. Neo vence a Smith... y Matrix se resetea. Hay un tercer programa que hace que el elejido, escoja el camino que escoja, siempre acabe reseteando Matrix. Es el programa de "el chico que sigue al elejido". Si, el pringao ese que le llevaba las maletas a Neo y que sale en Animatrix. De este modo, el elegido elimina el virus (Smith) y Matrix vuelve al punto de inicio. FIN.