Eleccion de SO

[Haitike]

Una partición propia para el /home (donde va el escritorio, los archivos de configuración de usuario y tus cosas propias cosas ) siempre viene bien. Así si en el futuro reinstalas linux tendrías todos los programas tal como los dejastes, el firefox con sus marcadores, el escritorio con la misma configuración, etc.

Gracias a este sistema luego si tienes que formatear linux te dará igual ya que no tendrás que configurar los programas de nuevo, solamente instalar los paquetes. Tampoco tendrías que mover tus archivos del /home o del Escritorio.

Yo haría:
Disco duro #1
-partición linux /
-partición linux /home
-partición Swap de linux
-partición de windows
#Disco Duro #2
-Partición única de datos.

Ten en cuanta también al dar formato que linux actualmente puede leer el NTFS de windows, pero en cambio leer el sistema más común de linux, el EXT3, es un coñazo leerlo con windows, tienes que usar el total commander con un plugin para hacerlo.