Ingeniería inversa a librerías java

[Yumichan]

Se puede decompilar solo ese .class a .java, tocarlo, compilarlo y volver a empaquetar todo en jar.

Por como lo has descrito no se si te daba problemas al decompilar todos los class de jar o solo el que te daba problemas.

Luego a mayores, no se si se parece a lo que quieres hacer, sin decompilar nada, dependiendo que quieras de ese jar (una clase o muchas) podrias crear un nuevo ClassLoader desde un URL (debia terminar en "!jar" o algo así) e instanciar con el la clase a mano con reflection.