A mí antes me pasaba lo que dice Eylan también, así que buscando llegué a un video de yutuf en el que un tipo mostraba lo bien que le iba a él.
http://www.youtube.com/watch?v=vsz24COwtM0
Configuración del plugin de vídeo (sacado de los comentarios)
Plugin GSdx9 (No sé si importa, pero el que uso yo, para ser exactos, es el "GSdx 1479 (MSVC 15.00, SSSE3) 0.1.15".)
Resolution: 800х600
Render: Direct3D9 (Hard.)
Interlacing: Blend tff (slight blur, 1/2 fps)
Aspect Ratio 4:3
D3D internal res: Native
Logarithmic Z - on
Alpha correction (FBA) -on
Wait VSync - off
Windowed -off
during the game, press "F7" x2 =) (esto último a mí no me hace falta hacerlo XD)
A mí con esta configuración me va perfecto, aunque también es verdad que tuve que actualizar el emulador, que la versión que tenía era muy vieja (por problemas con la memcard, nada que ver con esto), y no sé si dicha actualización contribuyó a la mejora o qué.
Vamos, que es lo que dice LaruKun, pero por si jugando con las opciones no habéis llegado a nada o algo...
Si no conseguís que os funke, pues ni idea, la verdad, no soy un experto en esto XD